有隻孔雀想到把煙花用作武器，卻被預言山羊說成是Dark side，會被黑白的武士打敗。孔雀為改變命運，狠心屠殺所有熊貓。事後孔雀的父母把孔雀逐出家門。孔雀只好和狼族一起離開。
多年後，孔雀有一點實力了。但不夠鐵造大炮，於是要狼去搶。功夫熊貓前去抗狼，見到狼衣服上的符號，突然失神，想起自己的母親。
孔雀回家。孔雀的父母已經死了。孔雀家和城市由武林高手管理。利用大炮，孔雀殺了武林高手。利用城中資源，孔雀建立起大炮艦隊。有大炮，功夫就無用了。功夫熊貓為了功夫的未來，和他自己的身世，前去找孔雀。
功夫熊貓開始時敗在大炮之下，被預言山羊救了。預言山羊就在熊貓村遺址照顧熊貓，並告訴熊貓是自己的預言引起熊貓村被屠。預言山羊要熊貓面對記憶。功夫熊貓也想起當年母親把自己藏在菜車上，自己去引開去屠村的狼。功夫熊貓面對痛苦的回憶，學會了龜大師的絕學－心平氣和。
熊貓這次連炮彈都可以空手接住，打敗了孔雀艦隊。熊貓好言相勸，但孔雀不甘，欲殺熊貓，卻被自己的大炮壓死。
片尾說熊貓無絕種，在山區生活。
